Durumunun kötüleşmesi üzerine hastaneye yatırılan Çağlı, 8 Ekim'de yoğun bakım ünitesine alındı ve sonrasında da solunum cihazına bağlandı. Aylardır yoğun bakımda tedavisi süren 50 yaşındaki Prof. Dr. Çağlı, tüm çabalara rağmen kurtarılamayarak vefat etti. Kalp ve Damar Cerrahisi Uzmanı Prof. Dr. Kerim Çağlı’nın hakemli heyetlerden onaylı birçok makalesi ve alanında ilk kez uygulanan teknikler ile gerçekleştirdiği çok sayıda ameliyat işlemi vardı. Bunlar arasında 2019 yılında İPAH hastasına uyguladığı ameliyat tekniği dünya bir ilk olarak kayıtlara geçmişti. Dünya Tıp çevrelerinin yakından takip ettiği Prof. Dr. Çağlı, 16 Aralık Çarşamba günü öğle namazına müteakip Elvankent Söğüt Camii'nden kılınacak cenaze namazından sonra Elvan Mezarlığı'nda defnedilecek.